12月時点で休職中の社員も、以下の設定に変更すれば年末調整計算が可能です。

設定手順

① [マスタ管理] → [人事マスタ]を開き、休職中の社員を呼び出します。

② 就業区分を「休職者（支給あり）」、年末調整計算区分を「年調計算あり」に設定します。

③ 支給金額や、控除金額、交通費（12月分）を0円に修正します。

※[初期設定] → [月例基本項目設定]、また[月例控除項目設定]で、各項目の休職欄が「非対象」になっている場合、非対象項目は月例給与計算の対象外となるため、0円に修正する必要はありません。交通費の支給をしている場合は、交通費（12月分）のみ0円に修正します。
※社会保険料や住民税を徴収している場合は、金額をそのままにして下さい。

④ 人事マスタの内容を修正後、再登録をクリックします。

上記設定後は、他の社員と同様に年末調整計算を行います。

※最後賞与、単独年調の場合は、上記手順①～②、④の順番で処理して下さい。